NIPT ist sehr zuverlässig, aber bietet, genau wie Fruchtwasserpunktion und Flockentest, niemals 100 % Sicherheit.

Die Empfindlichkeit für Trisomien von Chromosom 21, 18 und 13 ist so hoch, dass ein normales NIPT-Ergebnis bedeutet, dass die Aussicht, dass der Fötus doch eine Aneuploidie (Genmutation) eines dieser 3 Chromosomen hat, kleiner als 1 von 1.000 (falsch-negatives Ergebnis) ist.

Auch die Spezifität von NIPT ist > 99 % für die 3 Chromosomen: Das bedeutet, dass weniger als 1 von 100 Tests falsch-positiv ist mit einem abweichenden NIPT-Ergebnis, während der Fötus doch eine normale Anzahl Chromosomen hat.